Normalmente com Php + MySQL o comum é a utilização do phpmyadmin para restauração de dado com MySQL, o problema é que o phpmyadmin limita o tamanho do arquivo .sql que deverá ser importado. Nesse caso a restauração deve ser feita por linha de comando.
Na pasta de instalação do MySQL mais precisamente na pasta /bin existe o executável mysql.exe e podemos utilizá-lo para executar a restauração direto no prompt de comando
Linha de comando
mysql\bin\mysql.exe -u root -p minha_senha -h localhost nome_do_db < arquivo_backup.sql
O parâmetro -u especifica o nome do usuário registrado no mysql, -p especifica a senha, -h o ip ou nome do servidor, seguido pelo nome do banco e o arquivo a ser importado.